DMZ – FORSCHUNG ¦ Anton Aeberhard ¦ 
Seit dem Beginn der COVID-19-Pandemie sind aufgrund der vergleichsweise hohen Mutationsrate des SARS-CoV-2-Virus zahlreiche Varianten entstanden. Eine faszinierende neue Studie, veröffentlicht in Nature Communications, bietet eine umfassende Analyse von über 2 Millionen SARS-CoV-2-Proben weltweit. Dabei lag der Fokus der Forscher auf der systematischen Identifikation von Co-Infektionen und intra-host Rekombinationen, um Einblicke in die evolutionären Prozesse des Virus zu gewinnen.
Die Studie wurde vor dem Hintergrund der zunehmenden Evidenz für Co-Infektionen durchgeführt, bei denen eine Person gleichzeitig von mehreren Virusvarianten infiziert ist. Bereits zu Beginn der Pandemie wurden solche Fälle gemeldet, und es wird angenommen, dass sie häufiger auftreten als bisher angenommen. Die Autoren betonen die Notwendigkeit einer systematischen globalen Untersuchung von Co-Infektionen, um die Trends und Risiken besser zu verstehen.
Die Forscher analysierten mehr als 2 Millionen SARS-CoV-2-Rohdatensätze, die im European COVID-19 Data Portal gesammelt wurden. Mithilfe eines standardisierten Workflows identifizierten sie Mutationsmuster, Positionsdaten und Allelfrequenzen. Co-Infektionen wurden in 0,35% der untersuchten Fälle festgestellt. Um intra-host Rekombinationen zu erkennen, nutzten die Forscher zwei unabhängige Methoden und identifizierten Hotspots, insbesondere in Delta-Omicron (BA.1) Co-Infektionen.
Die Studie bestätigte das Vorhandensein von Co-Infektionen und identifizierte Rekombinationen innerhalb von Wirten. Die Autoren betonen, dass die Sensitivität dieser Erkennungsmethoden von der Dichte der Mutationen abhängt, die die Linien definieren. Sie wiesen auch auf Herausforderungen bei der Rekombinationserkennung hin, darunter Artefakte durch PCR-Amplifikation und die Notwendigkeit von Richtlinien zur Fehlerreduktion.
Die Forschungsergebnisse unterstreichen die Bedeutung von groß angelegten, international koordinierten Studien zur Überwachung von Co-Infektionen und intra-host Rekombinationen auf globaler Ebene. Die Autoren heben hervor, dass die Rohsequenzierung dazu beiträgt, genauere Einblicke in die Vielfalt und Evolution des Virus zu gewinnen. Dieser neue Beitrag trägt dazu bei, das Verständnis der SARS-CoV-2-Evolution voranzutreiben und bildet eine Grundlage für zukünftige Forschungsarbeiten im Bereich der Virusgenetik und -entwicklung.